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Submission e Valutazione Progetti

Carissimi, vi comunichiamo la data di consegna dei vostri progetti: il 20 maggio alle 23.00. Cogliamo l’occasione per anticiparvi i criteri di valutazione.

Ricordatevi di iscrivere il vostro gruppo come spiegato in questa pagina.

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FASTQ Parser (hw20)

FASTQ Parser

Lo scopo di questo progetto e’ creare uno script perl che parserizzi (legga e decodifichi) un file in formato FASTQ e che stampi delle semplici statistiche sulle sequenze contenute.

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SAM Parser 1 (hw10)

SAM Parser 1

Lo scopo di questo progetto e’ creare uno script perl che parserizzi (legga e decodifichi) un file in formato SAM e che stampi delle semplici statistiche sugli allineamenti contenuti.

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FASTA parser (hw30)

FASTA Parser 1

Lo scopo di questo progetto e’ creare uno script perl che parserizzi (legga e decodifichi) un file in formato FASTA e che stampi delle semplici statistiche sulle sequenze contenute.

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SAM Parser 2 (hw40)

SAM Parser 2

Lo scopo di questo progetto e’ creare uno script perl che parserizzi (legga e decodifichi) un file in formato SAM e che stampi delle semplici statistiche sugli allineamenti contenuti.

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Contare i k-mer (hw15)

Parserizzare un file FASTQ, SAM o multifasta (scegliere un formato, il multifasta e’ il piu’ difficile), fornito dall’utente, stampando alla fine:

  • la lista dei k-mer presenti nelle sequenze e, per ogni k-mer, il numero N di occorrenze del k-mer;
  • per ogni numero N del punto precedente, quanti k-mer sono comparsi quel numero N di volte;
  • la media, la mediana e la moda degli N.

La lunghezza k dei k-mer deve anch’essa essere passata dall’utente.

Questo e’ il progetto piu’ impegnativo, quindi sceglietelo solo se vi sentite dei bravi perlini/e.

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VCF Parser (hw14)

Parserizzare un file VCF, fornito dall’utente, e stampare solo le righe del file che soddisfino questi criteri:

  • Che abbiano un codice “rs” (ovvero sono annotate in dbSNP)
  • La qualità sia superiore ad una soglia definita dall’utente
  • Che siano SNP (Single Nucleotide Polimorphism)
  • La percentuale di righe stampate (ovvero che soddifano i criteri suddetti) sul totale di righe presenti

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Home project

This post contains the instructions for the Perl project. This page will be updated when needed.
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