Goodbye

Dear all,
yesterday we officially finished our Perl practicals (with a very simple and small oral exam that – we hope – helped you reviewing your home project, and possibly learning something new).
As always we enjoyed organizing this lab, but we have to admit that your commitment has been higher and stronger than usual.
Good work guys.

Andrea and Giovanni

Ordine di esecuzione

Stiamo correggendo le vostre perle, siete stati bravi!
Domani daremo udienza ai gruppi in questo ordine:

  • geno-100, geno-123
  • geno-610, geno-1720
  • geno-259, geno-6(66)

Pausa pranzo

  • geno-238, geno-571
  • geno-777, geno-23
  • geno-10, geno-8

Submission e Valutazione Progetti

Carissimi, vi comunichiamo la data di consegna dei vostri progetti: il 20 maggio alle 23.00. Cogliamo l’occasione per anticiparvi i criteri di valutazione.

Ricordatevi di iscrivere il vostro gruppo come spiegato in questa pagina.

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FASTQ Parser (hw20)

FASTQ Parser

Lo scopo di questo progetto e’ creare uno script perl che parserizzi (legga e decodifichi) un file in formato FASTQ e che stampi delle semplici statistiche sulle sequenze contenute.

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SAM Parser 1 (hw10)

SAM Parser 1

Lo scopo di questo progetto e’ creare uno script perl che parserizzi (legga e decodifichi) un file in formato SAM e che stampi delle semplici statistiche sugli allineamenti contenuti.

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FASTA parser (hw30)

FASTA Parser 1

Lo scopo di questo progetto e’ creare uno script perl che parserizzi (legga e decodifichi) un file in formato FASTA e che stampi delle semplici statistiche sulle sequenze contenute.

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SAM Parser 2 (hw40)

SAM Parser 2

Lo scopo di questo progetto e’ creare uno script perl che parserizzi (legga e decodifichi) un file in formato SAM e che stampi delle semplici statistiche sugli allineamenti contenuti.

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Contare i k-mer (hw15)

Parserizzare un file FASTQ, SAM o multifasta (scegliere un formato, il multifasta e’ il piu’ difficile), fornito dall’utente, stampando alla fine:

  • la lista dei k-mer presenti nelle sequenze e, per ogni k-mer, il numero N di occorrenze del k-mer;
  • per ogni numero N del punto precedente, quanti k-mer sono comparsi quel numero N di volte;
  • la media, la mediana e la moda degli N.

La lunghezza k dei k-mer deve anch’essa essere passata dall’utente.

Questo e’ il progetto piu’ impegnativo, quindi sceglietelo solo se vi sentite dei bravi perlini/e.

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VCF Parser (hw14)

Parserizzare un file VCF, fornito dall’utente, e stampare solo le righe del file che soddisfino questi criteri:

  • Che abbiano un codice “rs” (ovvero sono annotate in dbSNP)
  • La qualità sia superiore ad una soglia definita dall’utente
  • Che siano SNP (Single Nucleotide Polimorphism)
  • La percentuale di righe stampate (ovvero che soddifano i criteri suddetti) sul totale di righe presenti

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Home project

This post contains the instructions for the Perl project. This page will be updated when needed.
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