FASTQ Parser
Lo scopo di questo progetto e’ creare uno script perl che parserizzi (legga e decodifichi) un file in formato FASTQ e che stampi delle semplici statistiche sulle sequenze contenute.
Perl & Genomics
Bioinformatics for Genomics Course – University of Padua
Category Archives: homeworks
SAM Parser 1 (hw10)
SAM Parser 1
Lo scopo di questo progetto e’ creare uno script perl che parserizzi (legga e decodifichi) un file in formato SAM e che stampi delle semplici statistiche sugli allineamenti contenuti.
FASTA parser (hw30)
FASTA Parser 1
Lo scopo di questo progetto e’ creare uno script perl che parserizzi (legga e decodifichi) un file in formato FASTA e che stampi delle semplici statistiche sulle sequenze contenute.
SAM Parser 2 (hw40)
SAM Parser 2
Lo scopo di questo progetto e’ creare uno script perl che parserizzi (legga e decodifichi) un file in formato SAM e che stampi delle semplici statistiche sugli allineamenti contenuti.
Contare i k-mer (hw15)
Parserizzare un file FASTQ, SAM o multifasta (scegliere un formato, il multifasta e’ il piu’ difficile), fornito dall’utente, stampando alla fine:
- la lista dei k-mer presenti nelle sequenze e, per ogni k-mer, il numero N di occorrenze del k-mer;
- per ogni numero N del punto precedente, quanti k-mer sono comparsi quel numero N di volte;
- la media, la mediana e la moda degli N.
La lunghezza k dei k-mer deve anch’essa essere passata dall’utente.
Questo e’ il progetto piu’ impegnativo, quindi sceglietelo solo se vi sentite dei bravi perlini/e.
VCF Parser (hw14)
Parserizzare un file VCF, fornito dall’utente, e stampare solo le righe del file che soddisfino questi criteri:
- Che abbiano un codice “rs” (ovvero sono annotate in dbSNP)
- La qualità sia superiore ad una soglia definita dall’utente
- Che siano SNP (Single Nucleotide Polimorphism)
- La percentuale di righe stampate (ovvero che soddifano i criteri suddetti) sul totale di righe presenti
Lab04: welcome back, we missed you
This is the landing page for the fourth laboratory, here at the Paolotti. We missed you!
Remember to keep this page updated regularly, as we are going to put some updates in here.
hw6 solution
The problem was:
$seq = ‘GAGTATCTGGAAGACAGGCAGACTTTTCGCCACAGCGTGGTGGTACCTTATGAGCCACCCGAGGCCGGCT’;
use a loop and substr to print its “codons”, one per line.
Homework: from genes to proteins (hw5)
Homework: (hw5)
This time we are going to put together things we already know to do something a bit more complicated. We are going to write a program that translates a DNA sequence to RNA and then to the protein it encodes. This is a real example of what you can do, not bad uh?
This is also the hardest homework of this gap, and to be honest after this one you will have just one final “review” homework.