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SAM Parser 2 (hw40)

SAM Parser 2

Lo scopo di questo progetto e’ creare uno script perl che parserizzi (legga e decodifichi) un file in formato SAM e che stampi delle semplici statistiche sugli allineamenti contenuti.

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HW4 Solution

HW4 Solution

Here is the solution to the fourth homework, hw4. Continue reading

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Projects

Progetti per la prova finale

Questa pagina propone le consegne per un progetto finale da scrivere in Perl. Troverete ulteriori dettagli a breve. Per la sottomissione ai docenti, ogni “progetto” ha un suo codice da usare nel modulo di invio.

Per partecipare, ciascun gruppo deve “iscriversi” con un commento a questa pagina in cui ci direte il nome del gruppo, i componenti del gruppo (nome e login), nonché una mail di riferimento per contattarvi.


SAM parser 1 (hw10)

Parserizzare un file SAM, fornito dall’utente, e fornire come output:

  • Il numero di allinementi presenti
  • Il numero di cromosomi presenti nel reference
  • Il numero di allineamenti per cromosoma
  • Il numero di allineamenti per cromosoma diviso per la lunghezza del cromosoma

FASTQ parser (hw20)

Parserizzare un file FASTQ, fornito dall’utente,
stampando alla fine:

  • il numero di sequenze trovate e la lunghezza totale,
  • la lunghezza media delle sequenze e la deviazione standard,
  • la percentuale delle basi,
  • N50, L50

FASTA parser (hw30)

Parserizzare un file multifasta, fornito dall’utente, stampando alla fine:

  • il numero di sequenze trovate e la lunghezza totale,
  • la lunghezza media delle sequenze e la deviazione standard,
  • la percentuale delle basi,
  • N50, L50

SAM parser 2 (hw40)

Parserizzare un file SAM, fornito dall’utente, e fornire come output:

  • La lunghezza media e massima delle sequenze trovate
  • La percentuale di allineamenti univoci (ovvero con qualità non nulla) sul totale
  • La qualità media degli allineamenti
  • La percentuale di reads con flag “0” e la percentuale di reads con flag “16”

VCF parser (hw14)

Parserizzare un file VCF, fornito dall’utente, e stampare solo le righe del file che soddisfino questi criteri:

  • Che abbiano un codice rs (dbSNP)
  • La qualità sia superiore ad una soglia definita dall’utente
  • Che siano SNP (Single Nucleotide Polimorphism)
  • La percentuale di righe stampate sul totale

Contare i k-mer (hw15)

Parserizzare un file FASTQ, SAM o multifasta (scegliere un formato, il multifasta e’ il piu’ difficile), fornito dall’utente, stampando alla fine:

  • la lista dei k-mer presenti nelle sequenze e, per ogni k-mer, il numero N di occorrenze del k-mer;
  • per ogni numero N del punto precedente, quanti k-mer sono comparsi quel numero N di volte;
  • la media, la mediana e la moda degli N.

La lunghezza k dei k-mer deve anch’essa essere passata dall’utente.

Questo e’ il progetto piu’ impegnativo, quindi sceglietelo solo se vi sentite dei bravi perlini/e.

Lab04: welcome back, we missed you

This is the landing page for the fourth laboratory, here at the Paolotti. We missed you!

Remember to keep this page updated regularly, as we are going to put some updates in here.

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Lab04: passing arguments to Perl scripts

This post will review how to pass arguments to a Perl script. This is something you can’t test online with codepad (unfortunately), because codepad only runs the script, without emulating a whole system with a shell and files to read…


 

What arguments are

Learning how to play with the Linux shell we understood that each program (or command) can be launched alone, or with parameters. We refer to these parameters as “arguments”.

An example below:

ls
ls -l
ls /usr/bin

The three commands always start with the program to run, but the first only ask the shell to execute the ls program, while the second and the third one also pass some “arguments” to it.

This is a core functionality of any Perl program: its the way we, the user, can ask the Perl program what to do.

How to pass parameters to a Perl script

If we save a Perl script as demo.pl, we know that to launch it we should type (provided that the script is in our current directory):

perl demo.pl

provided that this is the way we launch the command we now want to pass parameters the same way we did with ls, like:

perl demo.pl -l -n ciao

In the line above I gave three parameters to the script. As we cant figure out how many parameter a program needs, Perl stores all the passed arguments into an array, called @ARGV (remember that Perl is case sensitive!!!).

A first example

We are going to create a param1.pl (lab04 folder, of course) program that prints the first parameter you passed to it. It’s very simple:

print "The first parameter is $ARGV[0].\n";

It’s your turn now hw4.1

Now create a script that will print all the parameters passed, not just the first. Save it as params.pl in the lab04 folder.

We want to print one parameter per line, like “The parameter is …“, and at the end it will print “You passed # total parameters“.

Submit it as usual, using hw4.1 as code.

 

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Homework: hashes

Hashes (hw4)

Remember hashes? They are like arrays, a collection of boxes. The main difference is that each box has a name instead of a number. Today’s homework is about hashes!
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