SAM Parser 1
Lo scopo di questo progetto e’ creare uno script perl che parserizzi (legga e decodifichi) un file in formato SAM e che stampi delle semplici statistiche sugli allineamenti contenuti.
Perl & Genomics
Bioinformatics for Genomics Course – University of Padua
Matches for: “hw1” …
Contare i k-mer (hw15)
Parserizzare un file FASTQ, SAM o multifasta (scegliere un formato, il multifasta e’ il piu’ difficile), fornito dall’utente, stampando alla fine:
- la lista dei k-mer presenti nelle sequenze e, per ogni k-mer, il numero N di occorrenze del k-mer;
- per ogni numero N del punto precedente, quanti k-mer sono comparsi quel numero N di volte;
- la media, la mediana e la moda degli N.
La lunghezza k dei k-mer deve anch’essa essere passata dall’utente.
Questo e’ il progetto piu’ impegnativo, quindi sceglietelo solo se vi sentite dei bravi perlini/e.
VCF Parser (hw14)
Parserizzare un file VCF, fornito dall’utente, e stampare solo le righe del file che soddisfino questi criteri:
- Che abbiano un codice “rs” (ovvero sono annotate in dbSNP)
- La qualità sia superiore ad una soglia definita dall’utente
- Che siano SNP (Single Nucleotide Polimorphism)
- La percentuale di righe stampate (ovvero che soddifano i criteri suddetti) sul totale di righe presenti
Projects
Progetti per la prova finale
Questa pagina propone le consegne per un progetto finale da scrivere in Perl. Troverete ulteriori dettagli a breve. Per la sottomissione ai docenti, ogni “progetto” ha un suo codice da usare nel modulo di invio.
Per partecipare, ciascun gruppo deve “iscriversi” con un commento a questa pagina in cui ci direte il nome del gruppo, i componenti del gruppo (nome e login), nonché una mail di riferimento per contattarvi.
SAM parser 1 (hw10)
Parserizzare un file SAM, fornito dall’utente, e fornire come output:
- Il numero di allinementi presenti
- Il numero di cromosomi presenti nel reference
- Il numero di allineamenti per cromosoma
- Il numero di allineamenti per cromosoma diviso per la lunghezza del cromosoma
FASTQ parser (hw20)
Parserizzare un file FASTQ, fornito dall’utente,
stampando alla fine:
- il numero di sequenze trovate e la lunghezza totale,
- la lunghezza media delle sequenze e la deviazione standard,
- la percentuale delle basi,
- N50, L50
FASTA parser (hw30)
Parserizzare un file multifasta, fornito dall’utente, stampando alla fine:
- il numero di sequenze trovate e la lunghezza totale,
- la lunghezza media delle sequenze e la deviazione standard,
- la percentuale delle basi,
- N50, L50
SAM parser 2 (hw40)
Parserizzare un file SAM, fornito dall’utente, e fornire come output:
- La lunghezza media e massima delle sequenze trovate
- La percentuale di allineamenti univoci (ovvero con qualità non nulla) sul totale
- La qualità media degli allineamenti
- La percentuale di reads con flag “0” e la percentuale di reads con flag “16”
VCF parser (hw14)
Parserizzare un file VCF, fornito dall’utente, e stampare solo le righe del file che soddisfino questi criteri:
- Che abbiano un codice rs (dbSNP)
- La qualità sia superiore ad una soglia definita dall’utente
- Che siano SNP (Single Nucleotide Polimorphism)
- La percentuale di righe stampate sul totale
Contare i k-mer (hw15)
Parserizzare un file FASTQ, SAM o multifasta (scegliere un formato, il multifasta e’ il piu’ difficile), fornito dall’utente, stampando alla fine:
- la lista dei k-mer presenti nelle sequenze e, per ogni k-mer, il numero N di occorrenze del k-mer;
- per ogni numero N del punto precedente, quanti k-mer sono comparsi quel numero N di volte;
- la media, la mediana e la moda degli N.
La lunghezza k dei k-mer deve anch’essa essere passata dall’utente.
Questo e’ il progetto piu’ impegnativo, quindi sceglietelo solo se vi sentite dei bravi perlini/e.
Lab04: welcome back, we missed you
This is the landing page for the fourth laboratory, here at the Paolotti. We missed you!
Remember to keep this page updated regularly, as we are going to put some updates in here.
hw3 solution
Tagged lab04, solutions03Homeworks: testing conditions
IF homework (hw1)
This is the first official homework you get! In this homework we are going to do some simple changes to a perl program, like we did during the last lab session.
If you have Linux on your laptop you can download the program and change it with a text editor like we did in the lab. Note that your Linux may be a little different, so you may need to looks for the Terminal and the Text Editor, but they are there somewhere. If you do not have Linux yet, you can use codepad. This task is coded “hw1“.
After Lab03: homeworks
As promised we scheduled some excercises to be published daily in this blog. Please check it regularly. The very first are so simple that will not require further explanations, while in the future you’ll get some more complex task to submit to the instructors to be evaluated.
Please, stay tuned clicking here to view the list.